Theo Thanh tra Chính phủ, trong việc quản lý và sử dụng vốn giai đoạn 2007-2010, Tổng công ty Hàng hải (Vinalines) đã có nhiều khuyết điểm như mua sắm tàu cũ không phù hợp với kế hoạch được phê duyệt, quản lý sử dụng thiếu hiệu quả, dẫn tới kết quả kinh doanh yếu kém… Việc này được xác định có phần trách nhiệm của ông Dũng khi là Chủ tịch HĐQT.
Điều tra vụ việc, cơ quan điều tra phát hiện lãnh đạo Vinalines đã tự ý quyết định đầu tư khi chưa được Bộ Giao thông Vận tải cập nhật dự án vào quy hoạch; chưa trình Thủ tướng xem xét quyết định theo tinh thần chỉ đạo của Chính phủ. Việc làm của ông Dũng, cùng một số người khác được cho là "trái ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng", Luật đầu tư, Luật đấu thầu.